Lo mismo podemos decir con referencia al poblamiento de la Edad del Bronce. Si existen testimonios tumulares en Limpias, municipio vecino, habrá que suponer que gentes de la cultura megalítica pisaron también los montes de Colindres.

En cuanto a los cántabros, en este municipio existe un total desconocimiento ya que, como en gran parte de nuestras tierras costeras, hay un vacío grande de hallazgos que pudieran asegurar su pertenencia a la segunda Edad del Hierro.

Los romanos, que han sido bien detectados en la costa (Castro Urdiales, Santoña, Santander, Santillana, Suances, etc) tuvieron que utilizar de una o de otra manera tierras, heredades y marismas de Colindres, y no es extraño que atravesase el municipio la vía Agrippa, si es que ésta realmente existió.

Ya en época medieval aparece clara y documentalmente el nombre de Colindres, en 1083, refiriéndose al monasterio de San Jorge y San Juan que dependía del de Santa María de Puerto de Santoña. Siglos antes, hubo de existir población en nuestro municipio, seguramente desde la propia repoblación de Alfonso I en el siglo VIII. Y ya en los siglos XI-XII la organización social de esta zona está plenamente estructurada, dependiendo del rey y del monasterio de Puerto. En 1040 era señor de Trasmiera un Velasco, de Colindres, y de nuestra villa parece que son los "potestas" de Trasmiera Lope y Diego Sánchez hacia 1091. Años antes (1084) se habla en las fuentes de los "hombres buenos" de Colindres, lo que nos permite suponer que en este siglo la villa tiene importancia en la región. A finales de la Edad Media (siglo XV) Colindres tiene 600 habitantes y por ella pasa el camino de Burgos-Laredo. Enrique III concede el señorío de Colindres a la casa de Velasco. La villa tuvo gran actividad de construcción naval en el siglo XVII.

En lo artístico señalar la iglesia parroquial, buen edificio de una nave del siglo XVII, con buen retablo mayor de mediados del XVII, obra anónima del taller de Limpias, y otro de (de las Ánimas) del mismo siglo y obra probable de Juan de Sopeña y Juan Palacio.

Colindres tiene además buenas casonas y palacios de los siglos XVII y XVIII, sobre todo, como la casa de Valle, con escudos de Hoyo, Valle y Alvarado; la de Villota; la de los Capitanes, que lleva la fecha de 1728. En el barrio de San Juan, la casona de Agüero, la torre del Condestable con armas de los Alvarado, Sarabia y Bolívar. Otros palacios son los de "La Redonda", con sus correspondientes escudos.